A Farmácia Clínica do CIONC reúne todos os medicamentos utilizados nos tratamentos. Neste espaço, os farmacêuticos interagem diretamente com o paciente, explicando em detalhes todos os efeitos colaterais da Quimioterapia e os medicamentos que serão ministrados para minimizar estes efeitos. Um exemplo são as toucas importadas pelo CIONC, que diminuem a temperatura negativa do couro cabeludo e inibem a queda de cabelo durante o tratamento.